Pondok Pesantren Al-Furqon dengan sejarah panjang yang tidak bisa terpisahkan. Hadir dari keyakinan dan rasa tanggung jawab akan tuntunan ummat terhadap pejuang dan penerus amanat nubuwat (warasatul anbiyya). Dari sebuah nama “Al-Furqon”, masjid yang senantiasa mengadakan pengajian rutin dan pendidikan RA ( Raudatul Athfal) di awal tahun 1980. Akhirnya di tahun 1992, dengan izin Allah SWT, Pondok Pesantren didirikan. Hingga saat ini telah melahirkan 21 angkatan. Merupakan sebuah kebanggaan dan wujud tasyakur Pondok Pesantren Al-Furqon terus berkembang melaksanakan fungsinya sebagai lembaga pendidikan pencetak kader-kader pemimpin umat.

Dengan fungsinya tersebut Pondok Pesantren Al-Furqon menghadirkan suasana pendidikan dan pembinaan terhadap Santri (anak didik) dengan mengupayakan Pesantren sebagai tempat ibadah thalab al-’ilmi dan menjadi sumber pengetahuan Islam, bahasa Al-Quran dan ilmu pengetahuan umum. Santri pada akhirnya diharapkan memiliki kemampuan dan penguasaan terhadap seluruh cabang keilmuan, baik pengetahuan agama maupun pengetahuan umum dengan tetap berjiwa pesantren.