Kurikulum

Kurikulum yang digunakan adalah perpaduan antara Kurikulum Standar Pendidikan Nasional dan Kurikulum Pondok Modern Gontor, dengan masing-masing komposisi 100%. Yang berarti tidak ada pemilahan antara komponen umum dan agama, tradisional dan modern. Karena pada dasarnya inti dari kesemuanya adalah Ilmu.

Lama pendidikan di Pesantren Muhammadiyah Al-Furqon selama 6 (enam) tahun. Tiga tahun pertama setingkat MTs (Madrasah Tsanawiyah) dan tiga tahun berikutnya setingkat MA (Madrasah Aliyah).

Santri Lulusan Pesantren Muhammadiyah Al-Furqon akan memiliki sekaligus 3 Ijazah. (Ijazah Pesantren, Ijazah MTsS Al-Furqon, Ijazah MAS Muhammadiyah Al-Furqon yang sudah TERAKREDITASI). Alumni dapat melanjutkan pendidikan ke Perguruan TInggi dalam Negeri (PTN maupun PTS) maupun Luar Negeri.